В какую налоговую платить взносы ИП?

у меня похожая ситуация, живу в другом городе третий год, плачу через личный кабинет, там сама система знает куда

прописку не меняла, ИП так и висит в родном городе

Взносы ИП платит по месту регистрации как предпринимателя, а не по фактическому месту деятельности. Адрес прописки физлица тут решающий.

физически в налоговую вообще не хожу уже давно, всё онлайн

1. Взносы ИП всегда привязаны к налоговой по месту регистрации предпринимателя, а не по месту, где вы физически ведёте деятельность, это первое, что нужно запомнить и перестать путать с юрлицами, у которых логика другая.
2. Место регистрации ИП определяется адресом прописки физлица на момент открытия, то есть тем самым городом, где вы стояли на учёте, когда подавали документы на регистрацию.
3. Если вы переехали и живёте теперь в другом городе, но ИП не перерегистрировали, оно формально так и числится в старой налоговой, переезд физлица сам по себе автоматически ИП никуда не переносит.
4. Платить нужно именно в ту, «старую» налоговую, даже если физически вы туда не заезжаете годами, реквизиты для платежа, ИНН и привязка не меняются от факта фактического проживания.
5. Единственный способ изменить это — сменить постоянную регистрацию по месту жительства, тогда налоговая для ИП тоже переедет автоматически вслед за пропиской, без отдельного заявления именно по ИП.
6. Временная регистрация по месту пребывания на это не влияет вообще, важна именно постоянная прописка, поэтому если вы просто снимаете жильё в другом городе, ничего в привязке ИП не изменится.
7. Заплатить не туда можно технически, но деньги придётся уточнять или переводить заново, это лишняя морока, поэтому проще один раз свериться в личном кабинете, куда именно система относит ваши платежи.